Il Re Manuele I del Portogallo morì a Lisbona il 13 dicembre del 1521 e fu inumato nel Monastero di Jerónimos che lui aveva fatto costruire per celebrare il ritorno di Vasco de Gama, dopo aver scoperto la rotta per l'India.
A succedergli fu suo figlio Giovanni III del Portogallo, il quale non ottenne automaticamente i diritti di successione per governare l'Ordine del Cristo. Solo il 14 aprile 1523 il Papa Adriano VI emise in tal senso una Bolla.
Nel 1551, dopo 28 anni di Gran Magistero, Giovanni III del Portogallo riuscì ad ottenere l' “Amministrazione Perpetua” dell'Ordine del Cristo, il quale passò definitivamente all'amministrazione della Corona portoghese tramite un'apposita Bolla del Papa Giulio III.
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