Con la definitiva presa di Granada, il 2 gennaio 1492, culminarono le gesta militari degli Ordini Cavallereschi che, come tali, avevano scritto la storia della Spagna nella sua lotta contro i Mori. Gli Ordini Militari, di conseguenza, erano arrivati ad avere un potere enorme e formidabili eserciti.
I Re cattolici, vista questa situazione di potere disperso all'interno dei territori della Corona, decisero di ammodernare i loro eserciti e creare un esercito più professionale e direttamente dipendente dalla Corona.
Quindi i Re cattolici iniziarono il processo di assunzione da parte della Corona, dei Magisteri degli Ordini Militari. Iniziò così un'attività volta a raggiungere gli accordi necessari tra gli Ordini, la Corona e la Santa Sede, che avrebbe portato all'incorporazione degli Ordini Militari alla Corona di Castiglia.
Con l'incorporazione degli Ordini Militari di Santiago, Calatrava, Alcántara, la Corona assunse il controllo degli immensi territori e degli affari amministrativi e interni dei tre Ordini.
L'incorporazione definitiva dei tre Ordini alla Corona di Castiglia, avvenne con la Bolla del Papa Adriano 6° del 4 maggio 1523 “Dum nostra intra”. L'incorporazione alla corona d'Aragona dell'Ordine di Santa Maria de Montesa e San Jorge de Alfama, non avvenne se non dopo la morte di Pedro Luís Galcerán de Borja y Castro, 14° Maestro dell'Ordine, durante il Regno del Re Filippo 2°.
Nel 1583, il Maestro Pedro Luis Garcerán de Borja y Castro voleva convincere il Capitolo Generale dell'Ordine ad accettare suo figlio Juan de Borja Manuel, come suo successore nel Magistero, ma il Capitolo Generale rifiutò categoricamente. Questo fece infuriare a tal punto il Maestro, che negoziò con il Re Filippo 2° l'incorporazione dell'Ordine, ricevendo così diversi compensi personali, tra i quali la nomina a Capitano Generale della Catalogna, con la cui carica morì nel 1592.
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