Con la Bolla del 15 marzo 1587, promulgata dal Papa Sisto 5°, si decretò l'unione e incorporazione perpetua del Magistero dell'Ordine di Santa Maria de Montesa e San Jorge de Alfama, alla corona d'Aragona.
Il Re Filippo 2°, primo amministratore perpetuo dell'Ordine, progettò una nuova struttura per governare l'Ordine di Montesa senza dover intervenire direttamente; per questo diresse l'Ordine attraverso il Consiglio di Aragona, che al suo interno aveva un Consiglio particolare dell'Ordine.
Tuttavia il Regno di Valencia richiese il Consiglio dell'Ordine risiedesse in Valencia, dove era necessario creare l'ufficio del Luogotenente Generale. Questi incarico doveva essere affidato ad un Cavaliere di Montesa. Di conseguenza passò al Luogotenente Generale la giurisdizione spirituale e temporale, il governo e la giustizia di tutto l'Ordine.
Con l'avvento del 18° secolo e l'ascesa al trono di Filippo 5°, l'Ordine di Montesa, come altre istituzioni, fu colpito dalle varie disposizioni in ambito politico che influenzano direttamente lo status dell'Ordine.
Con l'abolizione del Consiglio d'Aragona nel 15 luglio 1707, il Re comandò la completa incorporazione alla Corona dell'Ordine di Montesa, integrato come un Ordine in più, nel Real Consiglio degli Ordini.
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