Nel 1608 il Priorato di Boigny si fuse con l'Ordine della Beata Vergine del Monte Carmelo dando così origine all'Ordine di San Lazzaro e di Nostra Signore di Monte Carmelo.
Fin dalle origini quest'ordine si dimostrò attivo in svariate spedizioni navali e, dal 1612 al 1667 i suoi vascelli parteciparono a diverse battaglie soprattutto contro i corsari inglesi.
Nel dicembre 1667 l'Ordine fondò a Parigi un'Accademia di Marina e due anni dopo Luigi XIV istituì cinque nuovi Gran Priorati: Gran Priorato di Normandia, Gran Priorato di Bretagna, Gran Priorato di Bourgogne, Gran Priorato di Fiandra, Gran Priorato di Languedoc.
Dopo la Rivoluzione francese il governo abolì tutti gli Ordini cavallereschi. Con la restaurazione della monarchia, l'Ordine di San Lazzaro riprese vita totalmente, per poi estinguersi definitivamente nel 1830.
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