L'Egitto e gran parte della Palestina erano sotto il controllo del Califfato Fatimide, di origine araba e del ramo sciita dell'Islam. Il loro Impero era divenuto significativamente più piccolo dopo l'arrivo dei Turchi Selgiuchidi.
A quel tempo il Califfato Fatimide era governato dal Califfo al-Musta'li (anche se il vero potere era detenuto dal Visir al-Afdal Shahanshah), e avendo perso la città di Gerusalemme, conquistata dai Turchi Selgiuchidi nel 1076, la riconquistò nel 1098, quando la Prima Crociata era già in corso.
I Fatimidi, inizialmente non considerarono i crociati come una minaccia, perché pensavano che erano stati mandati dai Bizantini e si sarebbero accontentati di catturare la Siria, lasciando tranquilla la Palestina. Non inviarono un esercito contro i Crociati fino a quando questi non raggiunsero Gerusalemme.
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